Las historia de la ciudad se remonta a la época pre-colombina, en la cual la zona que hoy comprende la ciudad estaba habitada por las tribus de las culturas Quimbaya y Pijao, ampliamente reconocidas por su orfebrería. En esta región, el mariscal Jorge Robledo fundó la ciudad de Cartago el 9 de agosto de 1540, pero el asedio de los pijaos o bien razones de conveniencia económica, produjeron el traslado de dicha ciudad al sitio que ocupa actualmente en el norte del Valle del Cauca, en 1691, hacia las márgenes del río La Vieja. Entonces la región volvió a tornarse selvática y sepultó los vestigios que quedaban de civilización.
Tiempo después, con el ideal de revivir esta ciudad, que hasta entonces era una zona selvática, el 24 de agosto de 1863, el presbítero Remigio Antonio Cañarte y Jesús María Ormaza Niño, entre otros, regresaron a las ruinas de la antigua Cartago, donde establecieron unas cuantas chozas que fueron bendecidas el 30 de agosto siguiente.
Durante 6 años se llamó Cartago Viejo, pero en 1869 la municipalidad de Cartago le dio el nombre de Villa de Pereira, en honor al doctor Francisco Pereira Martínez, quien en 1816 se refugiara en la zona, junto con su hermano Manuel Pereira, tras la derrota de las huestes patriotas de Simón Bolívar en la batalla de Cachirí y manifestase tiempo después el deseo de que se estableciese una ciudad en dichos predios, hecho que se cumplió seis días después de su muerte.
En los años 50, en la época de “La violencia”, período de lucha política bipartidista en el país, Pereira se convirtió en un sitio de refugio de miles de colombianos, cuadruplicando su población y creando un crisol nacional que cambió para siempre su comunidad, condensando la vocación de ciudad plural que tendría en adelante.
En los últimos años, la ciudad ha logrado una identidad urbana y un crecimiento significativo en su nivel cultural; la integración social y el nivel de educación más alto y generalizado le están permitiendo a la ciudad un crecimiento sostenido, no sólo económico, sino también cultural.
El último fusilado en Colombia
En varias oportunidades la Corte salvó del último suplicio a menores de buena conducta con la edad arriba indicada y en otras ocasiones los condenó; tal es el caso de David López, de 19 años, quien fuera procesado por el asesinato de Ricardo Torres, el 30 de noviembre de 1888. López agotó infructuosamente los recursos para salvar su vida; moriría en Pereira el 26 de julio de 1890, después de indicarle al pelotón que le disparara directo al corazón. David López fue fusilado en Pereira y pasó a ser el último fusilamiento amparado por la ley en Colombia.